Na vnútorné použitie sa pamajorán používa najmä formou čaju a účinkuje proti prechladnutiu, pri zápaloch dýchacích ciest a prínosových dutín, je dobrý aj pri bolestiach hlavy, mierni suchý silný kašeľ, ktorý je dráždivý a bez hlienu a pomáha aj pri nechutenstve do jedla. Zároveň pomáha aj celkovo pri tráviacich problémoch a uvoľňuje kŕče, či už žalúdočné alebo črevné. Ženy môžu takýto čaj piť aj pri menštruačných kŕčoch a ťažkostiach s vynechaním menštruácie alebo pri klimaktériu.
Veľmi dobre pôsobí pamajorán aj na ukľudnenie nervovej sústavy, pri poruchách spánku a celkovo zlepšuje náladu a môže byť istou formou antidepresíva. Populárny je aj aromatický čaj, ktorý sa spraví z kombinácie vňati pamajoránu, mäty piepornej, šalvie a materinej dúšky, pričom sa čaj zaleje štvrť litrom vriacej vody a nechá 15 minúť lúhovať. Pri zápche a žlčníkových kameňoch sa robí len čisto pamajoránový čaj, ktorý sa varí 2 minúty a po luhovaní sa scedí.